L’infection par le virus Nipah (NiV), souvent mortelle chez l’homme, est principalement transmise au Bangladesh par la consommation de sève de palmier dattier contaminée par les chauves-souris Pteropus. La transmission de personne à personne est également courante et augmente la préoccupation des grandes éclosions. Cette étude visait à caractériser l’épidémiologie moléculaire, la relation phylogénétique et l’évolution du gène de la nucléocapside (gène N) du NiV.

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Méthodes: Nous avons mené des analyses de détection moléculaire, de caractérisation génétique et d’évolution bayésienne à l’échelle temporelle du NiV en utilisant des échantillons d’urine de perchoir de chauve-souris ptéropides regroupés une zone d’épidémie en 2012 et des échantillons d’ARN archivés de patients cas de NiV identifiés entre 2012 et 2018 au Bangladesh.Résultats: L’ARN-NiV a été détecté dans 19% (38/456) des échantillons d’urine de perchoir de chauve-souris et parmi eux; neuf séquences génétiques N ont été récupérées. Nous avons également récupéré des séquences de 53% (21 sur 39) des échantillons d’ARN archivés de patients. L’analyse phylogénétique a révélé que toutes les souches bangladaises appartenaient au génotypage NiV-BD et avaient un taux d’évolution de 4,64 10 4 substitutions / site / an. Les analyses suggèrent que les souches du génotype NiV-BD ont divergé en 1995 et ont formé deux sous-lignées. Conclusion: Cette analyse fournit une preuve supplémentaire que les souches NiV des génotypes malais et bangladais ont divergé récemment et continuent d’évoluer. Une surveillance plus approfondie du NiV chez les chauves-souris et les humains sera utile pour explorer la diversité des souches et le potentiel de virulence pour infecter les humains par le biais de la transmission de virus de personne à personne. © 2020 Les auteurs. Publié par Elsevier Ltd au nom de l’International Society for Infectious Diseases. Il s’agit d’un article en libre accès sous licence CC BY-NC-ND (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/).IntroductionNipah virus (NiV) est une paramyxovi-rus zoonotique hautement pathogène causant des maladies respiratoires graves et une encéphalite en Asie du Sud-Est avec une mortalité élevée (Luby et Gurley, 2012; Satterfield et al., 2016). Il s’agit d’un virus à ARN brin négatif avec un génome important de 18 kb et est classé dans le genre Henipaviruses de la famille des Paramyxoviridae avec ses proches parents: virus Hendra, virus Cedar et virus Mojiang (Rockx et al., 2012). NiV a une enveloppe avec des nucléocapsides filamenteuses contenant un génome de six protéines structurelles majeures (N-P-M-F-G-L). NiV a été catégorisé génétiquement en deux génotypes distincts: NiV-Malaysia (NiV-MY) identifié en Malaisie et au Cambodge et NiV-Bangladesh (NiV-BD) identifié au Bangladesh et en Inde (Harcourtet al., 2005; Wild, 2009). Les différences dans les modes de transmission (directe et de personne à personne) et les taux de mortalité suscitent plus d’inquiétude quant au potentiel de virulence du NiV-BD que de celui du NiV-MY, qui est également en corrélation avec sa manifestation clinique, sa pathogénéité, sa voie de transmission et sévérité des infections (Mire et al., 2016). Le VIH a été signalé pour la première fois en Malaisie en 1998-1999, et par la suite, aucune autre flambée n’a été signalée en Malaisie. La flambée initiale a été signalée avec 265 personnes infectées et le taux de létalité (TFC) était de 40%, dont 105 décès (Chua et al., 2000). En 2001, 2007, 2018 et 2019, éclosions .

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